Una stagione così non s'era mai vista. Il 2006 supera tutte le annate precedenti e consacra la società come la miglior realtà italiana a livello giovanile, per la fascia di età compresa fra i 14 e i 20 anni. Il momento più esaltante si celebra il 15 ottobre ad Arzignano, in provincia di Vicenza, dove arrivano due scudetti nel breve volgere di pochi minuti, nel campionato italiano su pista under 20, sia con la squadra maschile sia con quella femminile. Un'impresa riuscita in passato solo altre due società, il Cus Roma e la Snam di San Donato Milanese. La doppietta era già riuscita nel 2005 nel campionato Allievi, ma ovviamente questa ha un peso specifico maggiore, perché ottenuta nella categoria Juniores, che rappresenta il trampolino di lancio per il settore assoluto. Inoltre i due titoli danno diritto a partecipare, nel 2007, alla coppa dei Campioni per club, privilegio che l'Atletica Bergamo '59-Creberg ha assaporato quest'anno ma con la sola formazione maschile e, per giunta, nella serie B, perché nel 2004 la Studentesca Rieti non era riuscita a evitare la retrocessione.
I due scudetti sono solo la punta dell'iceberg. Sempre dai campionati di società arrivano il secondo posto con gli Allievi, che mancano il poker consecutivo per una manciata di punti, e il settimo con le Allieve. Ma ancor più importanti sono i piazzamenti nel campionato assoluto, entrambi ottenuti con formazioni imbottite di giovani: la squadra maschile chiude quarta nella finale Argento di serie A, cioè al 16° posto nella classifica nazionale, mentre quella femminile si classifica quinta nella serie A1 (cioè 29° posto in Italia). Il 2006 è avvalorato anche da 17 maglie azzurre, da tre presenze ai Mondiali juniores, altrettante alle Gymnasiadi e due alla Coppa del Mondo di marcia, da 14 titoli italiani individuali giovanili (e 15 podi), da una medaglia d'argento e una di bronzo ai Tricolori assoluti, senza contare gli innumerevoli titoli regionali conquistati su più fronti e gli exploit ottenuti da quegli atleti che ora non fanno più parte della società giallorossa, in quanto tesserati per club militari, come i saltatori in alto Andrea Bettinelli e Raffaella Lamera, il marciatore Daniele Paris, il mezzofondista Lorenzo Lazzari, l'ostacolista Francesco Filisetti e la lanciatrice Federica Castelli.
Che sarà una stagione esaltante lo si intuisce sin dalle prime uscite invernali. Ai campionati italiani indoor per Juniores e Allievi, Isalbet Juarez e Marta Milani vincono i 400, Matteo Giupponi e Sabrina Trevisan trionfano nella marcia, Elena Scarpellini e Tatiane Carne dominano le due gare di salto con l'asta, gli staffettisti vanno a segno nella 4x1 giro Alllievi. E miglior trampolino di lancio non può essere. Juarez, poi medaglia d'argento nella rassegna tricolore all'aperto, sarà una delle grandi rivelazioni dell'anno e i suoi grandi progressi gli valgono anche la prima convocazione azzurra per l'esagonale under 20 con Francia, Spagna, Tunisia, Marocco e Algeria, appuntamento al quale risponde presente (tra l'altro vincendo) anche il saltatore in alto Davide Marcandelli, lui pure secondo classificato ai campionati italiani Juniores all'aperto: figlio e nipote d'arte, Davide ha tradito per certi versi la specialità di famiglia - ovvero i lanci - e ora rappresenta una delle più belle speranze dell'alto, con la fortuna di avere davanti come esempio un atleta del calibro di Bettinelli e come maestri due dei tecnici più preparati in circolazione, Orlando Motta e Pierangelo Maroni.
Ai Tricolori Juniores all'aperto, oltre che nelle due staffette 4x400, 'Atletica Bergamo '59-Creberg colpisce il bersaglio pieno anche con gli stessi Giupponi, Milani e Scarpellini, i tre assi nella manica annunciati, confermatisi ai vertici nazionali delle rispettive specialità: non a caso rappresentato l'Italia ai Mondiali Juniores di Pechino. Pur essendo al primo dei due anni nella categoria, Giupponi sul suolo nazionale non ha avversari in grado di contrastarlo e a Pechino è brillante protagonista, conquistando uno splendido ottavo posto benaugurante anche pensando agli Eurojuniores 2007. La Milani, dal canto suo, si esprime ad altissimi livelli per tutta la stagione e diventa la quattrocentista bergamasca più veloce della storia, non disdegnando alcune brillanti uscite anche sugli 800, che potrebbero diventare la sua distanza futura. Per la Scarpellini, invece, è un anno di assestamento, dopo lo straordinario 2005 contraddistinto dal bronzo agli Europei e dai tanti primati italiani migliorati a più riprese: l'11° posto nella finale mondiale non la lascia soddisfatta, visto che poteva anche ambire a una medaglia, ma confermarsi ai massimi livelli è sempre difficile.
Altri atleti indossano la maglia azzurra della Nazionale giovanile. Ci riescono i marciatori Stefano Cattaneo e Sabrina Trevisan, il velocista Gianluca Zangari, le saltatrici con l'asta Tatiane Carne e Arianna Martiradonna. E tanti altri hanno la soddisfazione di salire sul podio ai campionati italiani di categoria. Tra gli under 23 Sascha Aurelio nell'asta e Andrea Sigismondi negli 800 (al suo attivo anche il titolo italiano universitario), tra gli Juniores Serena Brena nel getto del peso, tra gli Allievi la promettente velocista Secre Charlene Sery, il marciatore Andrea Adragna, l'astista Debora Colpani, la mezzofondista Martina Bombardieri.
Un discorso a parte merita invece il ventiduenne Jamel Chatbi, che non può ancora fregiarsi di titoli italiani (e ne avrebbe già vinti parecchi nelle categorie minori) in quanto ha ancora il passaporto marocchino. Ma da alcuni anni l'atleta seguito da Saro Naso è il punto di forza della squadra maschile. E in questa stagione dà un'ulteriore limata ai suoi primati personali, fornendo il meglio di sè soprattutto nei 3000 siepi, con un tempo (8'32"73) che gli sarebbe valso il secondo posto nella graduatoria stagionale italiana e, quasi sicuramente, anche la maglia azzurra per gli Europei.